武汉大学先进光源研究中心依托武汉大学高等研究院进行管理，实行研究院领导下的主任负责制。
中心下设加速器技术部、光束线技术部、实验技术部、通用技术部、综合办公室等。
中心各组织机构的功能和职责如下：
加速器技术部主要承担光源加速器相关的技术研究以及光源研究平台建设加速器部分的工程任务，平台建成后负责光源加速器的运行维护以及技术发展等相关工作。
光束线技术部主要承担研究平台光束线相关的技术研究及工程建设任务，平台建成后负责光束线运行维护、技术研究以及后续光束线建设与发展等相关工作。
实验技术部主要承担研究平台及实验系统设计、建设、运行维护与对外开放等工作，研究、发展同步辐射实验技术方法，推进同步辐射应用研究，促进光源研究平台应用成果产出。
通用技术部主要承担平台通用设施系统的建设、运行与维护工作，并为研究平台提供公共、通用技术支撑，保障平台其他技术系统和硬件设施的正常运行。
综合办公室主要围绕研究平台建设、运行维护及对外开放各项任务开展管理服务，包括研究中心的人事、项目、设备、档案、信息等管理事务以及日常事务处理，为研究中心的建设、运行及科研工作提供服务与保障。